Az 1848/49-es forradalom és szabadságharc leverése után a megtorlás a zsidó közösséget is érintette. Számosan emigráltak, vagy börtönbüntetést szenvedtek. A zsidó közösség egészét Haynau 230.000 forint értékű hadisarc megfizetésére kötelezte.
Az 1848–1849-es szabadságharc utolsó csatája Komárom váránál zajlott, ahol Klapka György tábornok még az augusztusi világosi fegyverletételt követően is folytatta a harcot az osztrák seregek ellen. Végül 1849. szeptember 27-én kötöttek fegyverszünetet azzal a feltétellel, hogy a komáromi erőd védői biztonságosan elvonulhatnak. Az 1849. október 1-én kelt oltalomlevél értelmében Thoman Imre, a magyar sereg törzsorvosa is akadálytalanul hazatérhetett otthonába, Sátoraljaújhelyre. Ezt követően még ötven évig élt, és orvosként praktizált.
